土壤微生物种类多、数量大，有细菌、真菌、放线菌、藻类等，l克土壤中就有几亿到几百亿个。大部分土壤微生物对蔬菜生长发育是有益的，它们对蔬菜生长、土壤物理性状的维护、有机无机养分的循环都有重大影响。
土壤有益微生物在维护土壤健康方面的作用
＊＊＊：促进团粒结构形成，维护土壤物理性状。
土壤中的有益微生物通过分解土壤中的有机物质达到自身的生长和繁殖，土壤有机质被分解成腐殖质，形成大量的团粒结构。同时，有益微生物能产生各种氨基酸、糖类物质，使矿物质和和有机胶体结合在一起，提高团粒结构的功能，使得土壤的通气透水能力、矿质涵养能力都达到＊＊＊。
第二：减少养分固定，提高肥料利用率，维护土壤化学性状。
土壤微生物可以分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，减少大量元素在土壤中的固定，避免因大量使用化学肥料而产生板结、盐渍化的状况。
第三：以菌抑菌，避免土传病害流行。
土壤的有益微生物在生长和繁殖的过程中可以凭借自身的数量优势占据优势地位，从而抑制有害菌的滋生和侵染，同时有益菌所分泌的物质也能达到抑制有害菌的目的，如放线菌、芽孢杆菌等等。因此大量使用有益菌可抑制土传病害的发展流行。
另外，土壤微生物可分泌生长物质，促进根系生长。有益微生物产生的氨基酸、天然生长激素、生物酶等物质能够保护和促进根系的良好生长。
如何有效维护土壤有益微生物？
维护土壤健康以及土壤的改良主要依靠大量有益微生物的生命活动来完成，只有在这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，有机无机物质的转化和有益代谢产物才能不断形成。那么如何更有效地维护土壤微生物呢？
首先，勤施菌肥，保证土壤有益微生物的数量。
在目前的蔬菜栽培模式下，土壤有益微生物的数量会越来越少，只有通过投入优质的菌肥产品才能保证土壤有益微生物的数量。市场上＊＊＊的菌肥产品有很多种，功能也较多，通过底施、穴施、蘸盘、冲施等不同的施用方式，在蔬菜生长过程中全程使用可保证土壤微生物的数量优势，不仅能促进植株健壮，同时可保证土壤处于健康状态。
其次，注意土壤环境，保证土壤有益微生物的生存。
土壤有益微生物的生存和繁殖需要良好的土壤环境，因此在农业操作中要注意创造有利于土壤微生物生存的土壤条件。土壤的酸碱度不能有较大变化，中性土壤更利于土壤微生物的生存。菌肥使用时要避开高温强光。菌肥使用后注意补水，生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能利于生物菌的繁殖扩增，但是要注意土壤不能太湿，如果土壤水分过大就会把其中的氧气挤掉，也会对生物菌的生长不利。菌肥使用后禁止立刻使用杀菌剂。
再次，菌肥与其他肥料配合使用，维护土壤健康更有效果。
1.有机肥与生物菌的配合使用。一般来说，粪肥在使用时需要通过生物菌进行发酵腐熟，使用到蔬菜上的时候才能保证足够的安全。目前市场上有许多含有有益菌的有机肥效果也不错。
2.甲壳素与生物菌的配合使用。生物菌中包含有固氮菌、解磷解钾菌、放线菌、芽胞杆菌、毛壳菌、乳酸菌、光合细菌等。尤其是放线菌，可以产生多种抗生素，抑制致病菌的生长繁殖。甲壳素有利于土壤中的自生固氮细菌、乳酸细菌放线菌的生长，而对于霉菌和其它丝状真菌有明显的抑制作用。在解决死棵等土传病害问题上，甲壳素配合生物菌可起到良好的效果。
3.化学肥料和生物菌的配合使用。一方面可以利用生物菌达到活化土壤、调节植株生长、促进土壤中养分的吸收的作用，降低矿质养分在土壤中的残留，另一方面化学肥料可以满足生物菌在调节和促进植株生长过程中对于矿质元素的需求。现在，市场上出现了许多含有生物菌的水溶肥产品，这类产品的出现满足了蔬菜对于矿质养分和生物菌的需求。
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